В 2007 году началось строительство нового здания музея этнографии и краеведения, который вошёл в структуру Государственного музея Туркменистана. Оформлением экспозиционных разделов руководил народный художник Туркменистана, директор экспозиционного комплекса Овезмухаммед Мамметнуров. 18 мая 2009 года новый музей открыл двери для своих первых посетителей. Трёхэтажное здание, где размещены экспонаты по этнографии и краеведению примыкает к главному корпусу выставочного комплекса, который объединяет несколько тематических собраний, знакомящих с историей, этнографией, достижениями независимости и природными достопримечательностями. Коллекция, посвящённая природе родного края, расположена на первом этаже музея и представляет многообразие фауны и флоры нашей страны, а также полезные ископаемые, окаменелости древних организмов. Музей краеведения и природы состоит из одиннадцати разделов. Первый посвящён зарождению вселенной и эволюции жизни. В витринах и диорамах представлена информация о гипотезе Большого взрыва, о галактиках и космических телах, а также находится один из ценных экспонатов Куняургенчский метеорит. Далее последовательно показаны эры и периоды нашей планеты. Это, пожалуй, самый притягательный для детей материал, потому что не на страницах учебника, а вживую в разделе можно увидеть окаменелости, найденные на территории Туркменистана. Особо привлекает посетителей окаменевшее дерево возрастом 270 млн. лет, и обитатели моря Тетис - аммониты, белемниты, морские ежи, двустворчатые моллюски. Гордость коллекции - натуральные зубы древних акул, гипсовая копия следа динозавра и древнего верблюда, череп и челюсть Туркменского слона возрастом 200 тысяч лет и другие удивительные находки палеонтологов, геологов и минерологов. Второй раздел музея знакомит с физико-географической характеристикой территории нашей страны. Здесь размещены климатическая и сейсмическая карты, срезы почв, а также образцы полезных ископаемых, ландшафтные диорамы гор и пустынь с их растительным и животным миром. В запасниках музея хранится 6099 экспонатов, 850 выставлены. При этом каждый год коллекция пополняется новыми интересными находками. В рамках плановой работы музей проводит научно-исследовательскую, просветительскую, научно-методическую, выставочную и пропагандистскую работу, принимает участие в организации мероприятий, связанных с государственными праздниками страны, экологическими датами. Так, к Всемирному дню охраны окружающей среды, Всемирному дню птиц проводятся выставки, научные конференции, презентации и встречи с учёными. Стало традицией проведение различных конкурсов и викторин среди школьников и студентов в контексте экологического воспитания. Для молодёжи устраиваются и выездные выставки. Основу фондов составляет самая большая научная коллекция птиц в Туркменистане. Время её сбора - с 1906 по 1957 годы. На данную коллекцию составлен каталог. Не менее значим гербарий растений Туркменистана, составляющий на сегодня 615 листов, а также коллекция минералов и горных пород, представленная 578 образцами. На базе отдела каждый год составляются научные справки и паспорта. Всего было написано 94 научные справки и составлено 3117 паспортов. Для получения консультаций по вопросам систематизации экспонатов налажено сотрудничество с учёными Института биологии и лекарственных растений АНТ, Национального института пустынь, растительного и животного мира Туркменистана, с преподавателями биологического и географического факультетов ТГУ им.Махтумкули и ТСХУ им.С.А.Ниязова. Научные сотрудники отдела активно участвуют в различных научно-практических конференциях, тесно сотрудничают с Обществом охраны природы Туркменистана, членами которого являются 65 сотрудников музея. Систематически проводятся учебные семинары в центре по повышению квалификации учителей при Министерстве образования Туркменистана. Большое значение придаётся лекциям на основе палеонтологических экспонатов, проводимых среди студентов и преподавателей биологии школ города. В отделе работает известный палеонтолог Туркменистана Аман Нигаров. В 2011-2012 годах он участвовал в международной экспедиции по изучению юрских следов на плате Ходжапиль. Совместно с итальянскими учёными из Болонского института было установлено, каким именно динозаврам принадлежат окаменевшие следы, обнаруженные в Койтендаге. В 2016 году на трёх языках вышла книга учёного Древние слоны Туркменистана.